In der Plenarversammlung sind die Vorsteherinnen und Vorsteher der 26 kantonalen Bildungs- oder Erziehungsdepartemente vertreten. Das Fürstentum Liechtenstein wirkt als ständiger Gast mit und hat beratende Stimme.
Die Geschäfte werden vom EDK-Vorstand vorbereitet. Er setzt sich aktuell wie folgt zusammen:
Zur Erleichterung und Förderung der Zusammenarbeit haben sich die Kantone zu vier Regionalkonferenzen zusammen geschlossen: Westschweiz und Tessin, Nordwestschweiz, Zentralschweiz und Ostschweiz. Diese behandeln Aufgaben auf regionaler Ebene, z.B. regionale Schulabkommen oder sprachregionale Lehrpläne.