Die Fachagenturen der EDK erfüllen gesamtschweizerische Aufgaben.
Die EDK führt Fachagenturen zur Erfüllung gesamtschweizerischer Aufgaben oder beteiligt sich zu diesem Zweck mit Leistungsvereinbarungen an Institutionen. Der Bund beteiligt sich ebenfalls an diesen Institutionen (Mitfinanzierung und Leistungsauftrag). Daneben gibt es national tätige Fachagenturen, die von Stiftungen geführt werden.
Das Informations- und Dokumentationszentrum IDES sammelt systematisch Informationen zum Schul- und Bildungswesen in der Schweiz und macht diese zugänglich. IDES
Das Schweizerisches Zentrum für die Mittelschule (ZEM CES) unterstützt die Behörden bei Fragen zur Förderung und Entwicklung des Gymnasiums und der Fachmittelschulen sowie zum Übergang zu den Hochschulen. ZEM CES
Das Schweizerische Dienstleistungszentrum Berufsbildung | Berufs-, Studien- und Laufbahnberatung (SDBB) erbringt umfassende Dienstleistungen für die Kantone im Bereich der Berufsbildung und der Berufs-, Studien- und Laufbahnberatung. SDBB
Das Institut für externe Schulevaluation auf der Sekundarstufe II (IFES) führt Schulevaluationen, standardisierte Befragungen und begleitete Selbstevaluationen an Berufsfachschulen und Maturitätsschulen durch. IFES
Die Schweizerische Koordinationsstelle für Bildungsforschung (SKBF) dokumentiert die Ergebnisse der Bildungsforschung mit Bezug zum schweizerischen Bildungssystem, informiert darüber, analysiert den Stand der Forschung in aktuellen Bildungsforschungsfragen und erstellt alle vier Jahre den Bildungsbericht Schweiz. SKBF
Die Fachagentur Educa unterstützt die Behörden mit Fachexpertise an der Schnittstelle von ICT (Informations- und Kommunikationstechnologien) und Bildungssystem. Educa
Das Schweizer Zentrum für Heil- und Sonderpädagogik (SZH) unterstützt die Kantone bei der Umsetzung ihrer kantonalen Konzepte für Sonderpädagogik und bei der Umsetzung des Sonderpädagogik-Konkordats. SZH
Die nationale Agentur Movetia unterstützt, fördert und ermöglicht Austausch und Mobilität im Bildungsbereich. Die EDK ist im Stiftungsrat vertreten. Movetia
Als nationales Kompetenz- und Dienstleistungszentrum für Bildung für Nachhaltige Entwicklung (BNE) unterstützt éducation21 namentlich Schulen (obligatorische Schule, Sekundarstufe II) und Pädagogische Hochschulen bei der Realisierung von BNE. Der Stiftungsrat wird von einem EDK-Mitglied präsidiert. éducation21